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引物對反轉錄實驗的影響
日期：2024-09-07 18:52
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摘要：
引物對反轉錄實驗的影響：
1、 Oligo(dT)
Oligo(dT)引物是約12-18個多聚胸腺嘧啶T組成的重復寡核苷酸序列，能夠特異性地與真核生物mRNA的ploy(A)尾退火，故不適合缺少ploy(A)尾結構的RNA，如原核生物RNA或microRNA，也不適用于已降解的RNA，如FFPE樣品中RNA。
真核生物中mRNA僅占總RNA的1%-5%左右，通常在進行從真核生物中構建cDNA文庫，或者克隆全長cDNA以及3’RACE等研究時會優(yōu)先選擇 Oligo(dT)引物。
對于復雜模板RNA，如含較多二級結構，在進行cDNA的合成延伸過程中，當延伸到二級結構...
引物對反轉錄實驗的影響：
1、 Oligo(dT)
Oligo(dT)引物是約12-18個多聚胸腺嘧啶T組成的重復寡核苷酸序列，能夠特異性地與真核生物mRNA的ploy(A)尾退火，故不適合缺少ploy(A)尾結構的RNA，如原核生物RNA或microRNA，也不適用于已降解的RNA，如FFPE樣品中RNA。
真核生物中mRNA僅占總RNA的1%-5%左右，通常在進行從真核生物中構建cDNA文庫，或者克隆全長cDNA以及3’RACE等研究時會優(yōu)先選擇 Oligo(dT)引物。
對于復雜模板RNA，如含較多二級結構，在進行cDNA的合成延伸過程中，當延伸到二級結構處時，可能會造成延伸終止，若選擇Oligo(dT)可能會造成mRNA 5’端信息的丟失。
2、 Random N6-N9
隨機引物是由隨機堿基組成的寡核苷酸，通常由6個核苷酸組成，稱為隨機6聚體。該種引物不具備特異性，rRNA, tRNA,非編碼RNA，小RNA，降解RNA，復雜二級結構的RNA等都可以作為其模板。該類引物可提高cDNA的產量和濃度，但是會使合成的cDNA長度變短。
3、 基因特異性引物
基因特異性引物能夠與模板特異性互補，產生目標性很強的cDNA，對于后續(xù)的PCR擴增更特異，適用于已知目的序列。通常應用于一步RT-PCR反應。當使用基因特異性引物（GSP）無法有效合成**鏈cDNA時，可選用Oligo(dT)或隨機引物。